- Амурская государственная медицинская академия
- Амурский государственный университет
- Амурский институт железнодорожного транспорта - филиал Дальневосточного государственного университета путей сообщения в г. Свободном
- Амурский филиал Морского государственного университета имени адмирала Г.И. Невельского
- Байкало-Амурский институт железнодорожного транспорта
- Благовещенский государственный педагогический университет
- Благовещенский филиал заочного обучения Дальневосточного юридического института МВД России
- Благовещенский филиал Современной гуманитарной академии
- Благовещенский филиал Хабаровской государственной академии экономики и права
- Военный учебно-научный центр СВ «Общевойсковая академия» (филиал, г. Благовещенск)
- Дальневосточный государственный аграрный университет
- Открытый Институт Муниципальных Проблем
- Региональное подразделение, г. Благовещенск, "Московский финансово-промышленный университет "Синергия"