• Амурская государственная медицинская академия
• Амурский государственный университет
• Амурский институт железнодорожного транспорта - филиал Дальневосточного государственного университета путей сообщения в г. Свободном
• Амурский филиал Морского государственного университета имени адмирала Г.И. Невельского
• Байкало-Амурский институт железнодорожного транспорта
• Благовещенский государственный педагогический университет
• Благовещенский филиал заочного обучения Дальневосточного юридического института МВД России
• Благовещенский филиал Современной гуманитарной академии
• Благовещенский филиал Хабаровской государственной академии экономики и права
• Военный учебно-научный центр СВ «Общевойсковая академия» (филиал, г. Благовещенск)
• Дальневосточный государственный аграрный университет
• Открытый Институт Муниципальных Проблем
• Региональное подразделение, г. Благовещенск, "Московский финансово-промышленный университет "Синергия"